Czyszczenie wentylacji powinno być przeprowadzane cyklicznie wraz z dezynfekcją przewodów. Czyszczenie mechaniczne odbywa się za pomocą wałka elastycznego i szczotki obrotowej dostosowanej zarówno do kanałów okrągłych jak i prostokątnych.

Cały proces można podzielić na kilka etapów:

1. Ustalenie terminu robót,

2. Zabezpieczenie terenu,

3. Zdemontowanie/montaż klap rewizyjnych,

4. Czyszczenie mechaniczne kanałów,

5. Dezynfekcja oraz regulacja układu.